Το νησί ανθίζει οικονομικά κατά την περίοδο του Κριμαϊκού Πολέμου (1853-1856), όταν οι Οινούσσιοι καραβοκύρηδες εκτελούσαν μεταφορές του οθωμανικού στρατού από τη Σμύρνη στα Δαρδανέλια. Με τα χρήματα αυτά οι καραβοκύρηδες του νησιού κατάφεραν να αποκτήσουν μεγαλύτερα σκάφη. Τη δεκαετία του 1860 χτίζονται τα πρώτα μεγάλα σκαριά στη Σύρο, Χίο και Ικαρία με χωρητικότητα 120 τόνων. Τα ταξίδια επεκτείνονται από την Αίγυπτο έως τη Μαύρη Θάλασσα, με το όνομα του Οινουσσιώτη ναυτικού, πλοιοκτήτη κτλ. να καθιερώνεται στα ναυτιλιακά κέντρα του κόσμου. Προς το 1880 ο στόλος τους ταξιδεύει σε όλη τη Μεσόγειο και έξω από τα στενά του Γιβραλτάρ, μέχρι τη Σιέρρα Λεόνε. Με την ανάπτυξη της ατμήλατης ναυτιλίας στις αρχές του 20ου αιώνα αρχίζει η παρακμή αυτής της σπουδαίας εποχής για το νησί, ενώ αργότερα λόγω των αντίξοων συνθηκών στον Α’ Παγκόσμιο Πόλεμο αναγκάζονται οι πλοιοκτήτες να τα πουλήσουν. Το 1923, οι πλοιοκτήτες του νησιού αγοράζουν μεταχειρισμένα πλοία από το Λονδίνο και τα μεταμορφώνουν σε καινούργια. Κατά τον Β’ Παγκόσμιο Πόλεμο το νησί προσφέρει σημαντικό στόλο μέσης χωρητικότητας 8000 τόνων ο οποίος «χάνεται» στον Ατλαντικό, με το νησί να παραμένει με ελάχιστα πλοία με το τέλος του πολέμου. Οι Αμερικάνοι παραδίδουν στην Ελλάδα 100 πλοία τύπου «λίμπερτι», σε αναπλήρωση όσων χάθηκαν στον πόλεμο, εκ των οποίων τα 14 στην Οινούσσα. Το 1960 ο στόλος του νησιού φτάνει τα 150 πλοία, αριθμός που κατατάσσει την Οινούσσα στην κορυφή της παγκόσμιας ναυτιλίας. Σήμερα ο αριθμός αυτός έχει μειωθεί σημαντικά με τους κατοίκους του νησιού να έχουν στραφεί σε άλλους τομείς απασχόλησης.